Rzeźba tej części kraju jest bardzo urozmaicona. Znajdziemy tu obszary wzniesień, równin i dolin, poprzerzynanych rzekami, struniakami i potokami różnej szerokości, o stosunkowo dużych spadach. Dominują jednak w krajobrazie jeziora, toteż teren ten jest nazywany „Krainą tysiąca jezior”. Występują tu również duże skupienia moren czołowych. Wzniesienia morenowe charakteryzują znaczne wysokości i strome zbocza. Najwyższe z nich to: Dylewskie, położone w południowo-zachodniej części Pojezierza, oraz Góry Szeskie na północnym wschodzie. Na południu, w okolicach Nidzicy, wzniesienia dochodzą do 235 m, pomiędzy Biskupcem a Szczytnem do 216 m, wzgórza na wschód od Braniewa też do 216 m oraz Wzniesienia Elbląskie do 198 m n.p.m. Na obszarze Pojezierza spotykamy ponadto skupienia ozów, drumlin, sandrów oraz dolin. Ukształtowanie to powstało na skutek ruchu lądolodu skandynawskiego. W czasie odwrotu lądolód zatrzymywał się na krótszy czas w wielu miejscach, ponownie posuwał się naprzód i znowu cofał kilkakrotnie, zanim ostatecznie opuścił te tereny. Główny wynik lego postoju to wzgórza moreny czołowej. Mają one kształt wałów równoległych do czoła lodowca. Składają się z wytopionego z lodowca materiału skalnego, niesionego na powierzchni lub wewnątrz lodowca. Są to głównie żwir, glina, a także duża ilość głazów różnych rozmiarów i kształtów. Moreny powstały też w wyniku spiętrzania materiałów przez czoło oscylującego lodowca.